Loiolako liburutegiko 10.000 liburu Deustuko Unibertsitateak Bilbon duen liburutegira eramango dituzte. Deustuko liburutegian liburu hauek gordetzeaz gain erakutsi ere egingo dituzte. Liburu zaharrak jendearen eskura egongo dira han eta ikerketarako erabiltzeko aukera izango dute. Liburuak Deustun gordeko dituzte, baina Loiolako jesuitenak izaten jarraituko dute.
Loiolako liburutegian 132.000 liburu inguru daude, eta horietako 40.000 1900. urtea baino lehenagokoak dira. Hori dela-eta, liburu zaharrei dagokienean Euskal Herriko liburutegi garrantzitsuena da Loiolakoa.
.1997an liburutegiak bultzada handia jaso zuen eta orduan sortu ziren egungo liburutegia eta artxiboa .